Университетът провежда обучение във всички образователни степени – специалист, бакалавър, магистър и доктор.

Завършилите полувисше образование или колеж със степен “Специалист”, могат да продължат следването си в ПУ “Паисий Хилендарски” или неговите филиали след конкурс за определен брой места по обявените бакалавърски програми.

Студенти, които вече имат степен “Бакалавър” в дадено научно направление, могат да продължат образованието си в магистърските програми, обявявани всяка учебна година.

В началото на всяка учебна година към катедрите на Университета се обявяват конкурси за докторантури в основните научни направления.